Was liegt denn innerhalb dieser Löcher?
Meiner Meinung nach geht das mit *.hmp Terrain nicht richtig.
Sind die Löcher nur optischer Natur?
Dann würde ich das *.hmp Terrain in den MED laden und als *.mdl Terrain abspeichern. In diesem Modell die Löcher erstellen indem du die passenden Faces löschst.
Dann das *.mdl Terrain in dein Level laden und "passable" Flag geben. Das *.hmp Terrain deckungsgleich einsetzen und ihm "invisible" Flag geben. Mit Blöcken die entstandenden Löcher in den Bergen auskleiden sonst kannst du ja durchschauen bis zur Skybox.