Das mit der vollen Kollisionserkennung des Modells stimmt so nicht. Wenn du beide Varianten ins Level setzt nimmst du die polygongenaue Kollisionserkennung des *.hmp Terrains und das Aussehen des *.mdl Terrains. *.mdl Modelle haben eine Bounding_box die hier hinderlich wäre und deshalb mit passable = ON im WED abgeschalten wird. Das *.hmp Terrain machst du unsichtbar und nutzt damit nur seine Kollisionserkennung.
Die Framerate müßte gleich sein. Es wird ja nur ein Terrain gerendert.

Das mit dem generierten Transparenzfenster habe ich nicht richtig verstanden. Ein Screen wär gut falls möglich.
Vielleicht hast du auch etwas Schwarz RGB = 0 im Terrain, an Stellen die du gar nicht transparent machen willst? Dann helle die gesamte Textur des Terrains in einem Grafikprogramm etwas auf und zeichne die beabsichtigten Löcher noch mal ganz schwarz RGB= 0.