Ich hatte mal so einen ähnlichen Fehler. An bestimmten Stellen ist das Spielermodell plötzlich vertikal nach oben geschwebt.
Verwendet ihr eventuell unsichtbare Levelgeometrie? Ich glaube, bei mir hing es damit zusammen. Ich hatte passable Baummodelle und wollte für die Kollisionserkennung (und Schatten) unsichtbare (Textur auf none gesetzt) WED Blöcke verwenden. Im Prinzip sollte das auch gehen, aber irgendwas ist da anscheinend schief gelaufen. Entfernen der Blöcke mit anschließendem neubuilden hat geholfen. Aber so richtig durchschaut hab ich´s auch nicht ...