Mach es wie folgt: du erstellst manuell eine WRS Datei mit dem Code und eine WRS Datei mit den restlichen Daten. Du nimmst dann eine neue WDL, die du game.wdl nennst, in der du die beiden ressource definierst. Deine originale main function nennst du startgame oder sowas und in der game.wdl rufst du in function main nur startgame(); auf. Für deine game.wdl erzeugst du eine Dummy - WMP und publishesdt dann. WED erzeugt dann für die game.wdl eine EXE, die engine und DirectX DLL und eine WRS, in der NUR die game.wdl verschlüsselt ist. Der restliche Code und content steckt weiterhin unabhängig davon in den beiden anderen WRS Dateien - und die sind ja in der game.wdl referenziert.

Jetzt kannst du für bugfixes einfach den code ändern, die WRS Datei für den Code neu kompilieren lassen (aber ohne die game.wdl!!) und als patch verschicken.