Es ist nicht klar, was du mit Projekt meinst. Was du startest ist ein Level. Du kannst aber nicht verschiedene Level zu einem fügen.
Für ein vernünftiges Verhältnis von Stadt und Hausinnen ist es sinnvoll 2 Modelle oder Map-Entities von dem Haus zu haben eins mit Inneneinrichtung und eines ohne, dann würde ich die Stadt aus lauter "leeren" Häusern bauen und immer dann, wenn der Spieler mit seiner Figur direkt vor dem Eingang steht und hinein geht, das "leere" Haus durch das Haus mit der Inneneinrichtung austauschen.