Wenn Du in dem 2.Level keine anderen Aktionen benutzt als im ersten beziehen sich die empty pointer Meldungen auf im ersten Level entfernte Entities.
Wenn Du ein neues Level startest, wird ja das Level davor komplett mit allen enthaltenen Entities gelöscht. Wenn jetzt z.B. die Entity mit dem Pointer "player" gelöscht wird und erst anschließend eine Entity, die den pointer "player" benutzt, kriegst Du eine Empty Pointer Meldung.
Das kannst Du vermeiden, indem Du jedesmal bevor in einer Aktion ein Pointer benutzt wird, erst überprüft wird, ob der Pointer nicht leer ist.
Also:

if(player == 1)
{und dann die Funktion, die den Pointer "player" verwendet.}

So ist es in C-Script, vielleicht ist es in Lite-C nochmal etwas anders.