Schau mal unter add_folder() nach. Habe es aber selber auch noch nicht ausprobiert. Unter PRAGMA_PATH kann man folgendes lesen:

PRAGMA_PATH wird nur während des Kompilierens ausgewertet. In einem gepublishten Projekt sind alle Dateien per Default im Projektordner abgelegt. Um in einem gepublishten Projekt Unterordner zu benutzen, fügen Sie diese während der Laufzeit mittels add_folder() hinzu oder Sie verwenden eine .wdl Projektdate.