Gleich zu Beginn der Schleife "while(MainmenuBack_pan)" hast du eine weitere Schleife für die Maussteuerung eingefügt. Da die Bedingung dieser Schleife (mouse_mode > 0) - ausgehend von diesem Code-Ausschnitt - immer wahr ist, wird die Schleife zu keinem Zeitpunkt verlassen. Die nachfolgenden Schleifen für die Animation des Menüs werden dadurch gar nicht erst erreicht.

Es wird also nur die Schleife für die Maussteuerung ausgeführt und der Rest nicht.

Du könntest den Code vereinfachen und alles in eine einzige Schleife einfügen.

Zum Beispiel so:
Code:
var wave = 0;

while(MainmenuBack_pan)
{
	mouse_pos.x = mouse_cursor.x;
	mouse_pos.y = mouse_cursor.y;
	
	wave += 5 * time_step;
	wave %= 360;
	MainmenuBack_pan.pos_y = 100 + 10 * sin(wave);
	MainmenuBack_pan.alpha = 10 + 10 * abs(sin(wave));
	
	wait(1);
}

Für die Bewegungen und Transparenzänderungen des Menüs wird hier die Sinusfunktion verwendet. Ich habe hier lediglich Testwerte eingefügt, die gegebenenfalls angepasst werden müssten.^^