Natürlich erstellt WED von selbst Kopien.
(Load Entity müßte eigendlich Copy and Add Model File heissen)
Der User erwartet eigendlich nur daß die Daten geladen werden.
Wenn man eine Entity hinzufügt mit einer bestimmten
Modeldatei, wird eine Kopie der Datei im Ordner erstellt.

Das sollte man abschaltbar machen können, und
mit Pfadangabe auf das Modelfile lösen.