Das Kompilieren oder Publishen eines einzelnen Levels ohne Skript erstellt gar keine acknex.dll!
Außerdem ist nur ein Level nicht lauffähig. Die acknex.dll gehört wohl eher zum Skript, das du dem Level zugewiesen hast und das zur Exe kompiliert wurde. Wenn du in jedem Level das gleiche Skript hast, dann musst du nur eins publishen und du hast ein Game mit allen deinen Levels. Im Skript musst du dann natürlich dein Level auswählen können.