Wenn ich das richtig verstehe, hast du doch 2 Sky-Entities oder? Einen Hintergrund und die Wolken.

Dann solltest du die trennen und mit layer anordnen:

ENTITY* sky_background =
{
...
type = "background.tga";
layer = 1;
flags = SKY | DOME | SHOW;
}

ENTITY* sky_clouds =
{
...
type = "clouds.tga";
layer = 2;
flags = SKY | DOME | OVERLAY | SHOW;
}

OVERLAY solltest du natürlich setzen, damit der Hintergrund auch zu sehen ist