Ich erinnere mich, dass ich da auch mal Probleme hatte, da ich aber die Animationen eh als Bones-Animationen brauchte, habe ich fbx für den Export von animierten Modellen benutzt, und das mit dem Exporter nicht weiter verfolgt.

Beim Export über fbx gäb's Folgendes zu beachten (ich kopiere einfach aus meinem Merkzettel):

"When exporting with the fbx-exporter you need to add the ending ".fbx" manually.
When exporting with the fbx-exporter of blender to use the model in Acknex, don't forget to uncheck the RotX 90 and to set precision to 1 instead of the pre-set 4, disable "optimize keyframes" at all.
In MED import it with 'Model from FBX(12.2005)'.
To get similar proportions to the gamestudio exporter of ventilator go this way:
edit -> transform model global -> Rotate 90 YZ -> Rotate 90 XY (three times), then edit -> scale model global -> scale it with the factor of 11."