die bones sollten nicht verloren gehen. bist du sicher, dass du bones animation exportiert hast und nicht vertex animation?

das armatur objekt und das mesh objekt müssen dieselbe position, rotation und skalierung haben. kannst du mit dem [n] panel nachprüfen. falls es nicht passt, gibt es im menü irgendwo eine "apply rotation and scale" funktion (weiß den genauen namen nicht auswendig - irgendwas mit apply), welche die momentane transformation auf das mesh und/oder die armatur anwendet und nachher rotation auf 0 und skalierung auf 1 setzt.