"apply rotation and scale" sollte das Objekt oder die Armatur nicht mehr drehen, sondern sie nur anders speichern, eben so, dass Rotation auf 0 und Skalierung auf 1 gesetzt sind.
Er kann nochmal überprüfen, ob die Armatur und das Objekt jeweils im Edit-Modus und im Objekt-Modus an der gleichen stelle mit gleicher Skalierung und Rotation angezeigt werden.