I tried to use bvh files some time ago, too. I tried it with a walking_guard with quite nice results:
http://www.puppenheim.org/knight_walking.zip
I tested several things with fragmotion and bvhacker and blender.
At least, I skipped trying to integrate bvh files in my models. Mainly, because it is too much work to change the model depending the skeleton or the other way round. I didn't manage to get the skeleton's position right.

When you proceed converting bvh files, I recommend you bvhacker, it is easy to center the animation, just a few clicks, it helps cutting the needed cycle of movement and adjusting the cycle of the animation and the count of key frames.


Ich habe auch schon mal relativ viel mit den bvh-Dateien herumprobiert, in fragmotion, in bvhacker und in blender - ich habe es komplett aufgegeben.
Meiner Meinung nach lohnt es leider den Aufwand nicht.
Ein Grund ist tatsächlich das Angleichen von Model an das Skelett und umgekehrt.

Einen Tipp, der Dir die Arbeit erleichtern könnte:
bvhacker ist extrem praktisch was das zentrieren des Models und das Ausschneiden und Optimieren so einer rohen bvh-Datei angeht.