antes de aplicar los vertices, tienes que seleccionar el hueso al que se los quieres aplicar y entonces das a apply vertices mode. Seleccionas los que quieras y das a add vertices.si activas el modo animation y tienes alguna rame añadida, puedes girar el bone que acabar de aplicar los vertices y comprobarás que gira todo correctamente. De todas formas, hay un tutorial en ingles sobre el MED en el que explican como animar un modelo con bones: http://download.conitec.net/wed_tutorial_e.zip