Animierte Modelle müssen im Mdl-Format gespeichert werden, bevor sie in der Engine verwendet werden können. Anders gesagt: Du kannst nicht direkt fbx-Dateien in WED verwenden und dann erwarten, dass ihr Animation in der Engine abgespielt werden.
Im MED musst du dann die animationen überprüfen. In der Regel dürfte der Import von fbx-Dateien in MED kein Problem sein. Meist muss man aber entsprechende Einstellungen im Programm beachten, mit dem man das Model und seine Animationen erstellt hat.
Ich habe da aber nur Erfahrungen mit Blender.