Weißt Du wie Du in Blender eine 2. UV mit 2tem Bild zuweist?
Dann könntest Du das Ganze als FBX exportieren.

Edit:
Welche Version von Blender nutzt Du?

Edit2:
Hab grad mal einen Testdurchlauf gemacht.
Funktioniert einwandfrei.
Du brauchst kein 2tes Model in Blender - wahrscheinlich kommt daher auch das Problem.

Einfach im Button-Fenster auf Editing(F9).
Dort unter Mesh UV Texture New, um ein 2tes Set an UVs zu schaffen.
Vor dem UV Namen sind die Knöpfe um die Ansicht und/oder Bearbeitung zwischen den verschiedenen UVs zu wechseln.
Alle weiteren Schritte, wie Du sie kennst.

Das Model als FBX exportieren (oder - fällt mir grad ein - mit Ventilators $$m-Exporter, der exportiert auch das 2. Skinmesh) in MED über den fbx 2010er-Import laden.