Das ist Standardverhalten. Bin am Anfang auch darüber gestolpert. Zitat aus dem Manual : "Subfolders are not created in the .CD folder."

Gelöst (naja, nennen wir es "manueller Work Around") hab ich's so, dass ich einen eigenen Intall Ordner mit allen Verzeichnissen angelegt und dort manuell alle Files in die richtigen Directories kopiert habe. Nach dem Publishen kopier ich dann nur noch das neue exe in dieses Verzeichnis.
Das ist zwar etwas umständlich, hat aber den Vorteil, dass nicht versehentlich Level, Models, Grafiken & Sounds im Status "in Arbeit" mit veröffentlicht werden. Dafür kann man ganz wunderbar versehentlich vergessen, aktuelle Versionen der benötigten Ressourcen zu veröffentlichen.