Zu dem Problem an sich kann ich so nichts sagen. In der Regel führt man sein Programm doch aber aus, bevor man es schliesst. Dann wird es doch ohnehin automatisch gespeichert. Das SED zweimal fragen soll kommt mir auch spanisch vor. Hast Du vielleicht verschieden Versionen der gleichen Dateien offen, mit denen Du durcheinander kommen könntest? Weisst Du, dass es im Gamestudio Ordner einen Ordner mit dem Namen sed_backup befindet, der Backups von allen editierten Dateien enthält?
Ansonsten einfach mal die magische Miesmuschel befragen...