Ich kenne das Problem auch.
Ab und zu löscht SED einfach mal Dateien und danach regt man sich auf, dass plötzlich 2000 Zeilen Code im Arsch sind. Ist mir einmal passiert, seitdem kontroll ich nochmal das Vorhandensein aller Dateien vor dem Schließen.

Passiert häufiger, wenn die Dateien noch in anderen Programmen geöffnet sind (DropBox, Visual Studio, What else)