Ich hab den FBX Export auch nie hinbekommen. Irgenwas passt immer nicht ab einer gewissen Komplexität. Entweder Matrialien, UVs, das Mesh an sich oder sonst was.
Der Blender Exporter von Ventilator geht aber super. Mach deine Modelle einfach in Blender 2.60 und lade die .blend Dateien dann in den Blender 2.49 und exportiere von dort aus als .$$m mit dem Exporter. Das geht ohne Probleme.