Wie Pappenheimer gesagt hat: Die Modifikatoren anwenden wenn es geht. Welche genau das waren weiß ich leider nicht mehr. Aber ich würde mal besonders die Mesh-verändernden im Verdacht haben (Mirror usw.).
(Das Tastenkürzel um die Skalierung (und Rotation, kann auch helfen) anzuwenden ist Strg+A.)

edit:// oh, du warst schneller.
edit2:// zu den bones kann ich leider nichts sagen, das hab ich bisher selbst nicht hingekriegt. ^^