"Ganz einfach":
Du verwendest Modelle und externe Texturen anstelle von Levelblocks.
Da die Block-Texturen beim Map compilieren in die WMB gepackt werden, sehe ich auch keine Chance, die extern zu speichern.

Ein einfacher Weg, deine WED-Level nach MDL zu bekommen, ist der MDL-Export. Du solltest aber beachten, dass du für Modelle ein Polygon-Limit hast und zudem immer das ganze Modell gerendert wird.
Daher sollten immer gewisse Teile eines Levels zu einem Modell gepackt werden und nicht das ganze Level in ein Modell.

Bei einem exportieren Modell musst du nur noch die Texturen auf "Extern" schalten und die dementsprechenden Files dazulegen.

Grüße
Felix