Die ordner anders sortiern vielleicht?
Z.b. alle Levels in einen ordner, alle models, alle scripts, alle ingame grafiken, alle menu grafiken, alle sounds
(jeweils einen ordner für jeden punkt)
Falls du nicht alle levels in einem ordner haben willst, würde sich eine staffelung anbieten, z.b. level 1 bis 5 in einen ordner 6 bis 10 in einen anderen etc.
Ich frag mich ehrlich gesagt wozu du 49 (!!!) pfade brauchst???