Kein Problem. Du brauchst dafür kein extra Programm. GS kann das schon selber.
Um eine WAD Datei zu erstellen starte das WED (World Editor).
Dann lade dein Level oder auf die schnelle [FILE] und dann [NEW].
In der oberen Leiste muss irgendwo [Texture]stehen. Öffne das.

(Da ich eine Neuere Vision verwende weis ich nicht ob was jetzt
kommt bei dir dasselbe ist, naja weiter)

Dann gehe unter [Texture Manager]. Und dann [New WAD].
Mit [Add WAD] kannst du sie später in neuen Leveln dazu fügen.

Einfach mal ein bisschen herum klicken.

Und zu WAD-Dateien allgemein. Es ist eine Datei worin du so viele Texturen wie du willst drin speichern kannst.
Da gibt es noch [Add Folder], so kannst du auf WAD Dateien versichten und direkt den Texturen-Ordner ansprechen.