Das hat mit WAD (Texturen) nicht viel zu tun, sondern eher mit den Textur oder Block flags, welche für Unsichtbarkeit auf "None" gesetzt werden müssen (es ist auch möglich, den Haken "Invisible" beim Block und im Map Compiler bei "Invisible == None" zu setzen, aber ich glaube, das funktioniert nur, wenn du auch eine Textur zuweist). Die einfachste Methode, so wie ich das zumindest mache, ist, eine kleine Textur dafür exklusiv zu benutzen (bspw. pechschwarz oder komplett pink), dann in den Skin Settings "None" zu aktivieren und alle entsprechenden Blöcke damit zu versehen.
Transparenz mit alpha im Intervall (0,100) ist bei Blöcken jedoch nicht möglich, dafür musst du Entities nehmen.