MED ist wirklich ein Spielzeug, wenn es um das Erstellen von Modellen geht.
Zum konvertieren von Dateiformaten ist es schon besser geeignet.
Du könntest den Würfel in WED erstellen, den Zylinder hinzufügen und per CSG Subtract die gewünschte Aktion durchführen.
Dann speicherst du die Szene, nachdem du den Zylinder gelöscht hast als MDL7 ab und öffnest das Modell in MED für die weitere Bearbeitung.