Nein werden sie nicht, und genau das ist ja das geniale Du kannst im Spiel entscheiden ob du als Server oder Client startest, welchen Port du verwenden möchtest und welche IP. Du benötigst keine Commandlines mehr. Ip, Port und Password müssen einfach den Funktionen enet_init_server() und enet_init_client() übergeben werden. Und vergiss nicht enet_server_poll() bzw. enet_client_poll() jeden Frame aufzurufen. (siehe Tutorials bzw. Codebeispiele im Manual).

Am leichtesten wird der Umstieg für dich sein, wenn du das Projekt neu schreibst. Die zusammenhänge zwischen GS MP und ANet sind nicht wirklich groß. Die Grundstruktur ist einfach anders... (hoffentlich leichter zu verstehen ).
Sollte aber kein großer Aufwand sein, da du wahrscheinlich weniger Zeilen an Code benötigen wirst als beim GS MP system.