Das mit der Vertexanimation funktioniert genau so, wie du es geschrieben hast. In Blender alles mit Bones animieren. Dann mit Ventilators Blender Exporter die gewünschten Frames als Vertexanimation nach .mdl exportieren. Die Dateigröße wird dadurch etwas wachsen, aber es rendert schneller in der Engine, da diese nix bezüglich Bones berechnen muss.