Früher hab ich bei c-scripts einen Obfuscator benutzt. Der macht das skipt zumindest so kryptisch, das man sich sehr lange durchwursteln muß, um es effektiv zu verstehen.
Wenn Deine skripte offen (unkompiliert) dabei liegen, ist das die beste Möglichkeit den Inhalt zu schützen. (zumindest vor dem Weiterverwenden größerer Codeblöcke)