Im Grunde mache ich (in Gimp!) so etwas folgendermaßen:
Neue Datei öffnen Ebene -> Transparenz -> Alphakanal hinzufügen Bearbeiten -> löschen Schwupps, alles weg, nur noch Transparenz da! Da jetzt was auch immer drauf malen und als tga abspeichern, fertig.