Seit CS5 gibt es afaik nen problem dass er die Alphakanäle nicht mehr automatisch erstellt. Musst du also manuell anlegen. Oder dass sie irgendwie komisch gespeichert werden. Was ich also empfehlen würde ist:

Du machst dein ding mit alphakanal und allem (überprüfen im "kanäle"[channels] fenster) speicherst es als PNG ab.

Dann lädst du es in GIMP und speicherst es als TGA ab.