Ich habe das Problem bei mir jetzt mal nachgebaut und bisschen damit herum probiert. Es ist alles perfekt aligned, man sieht die helle Seite von dem einen Block durch und nicht den Hintergrund und das verbessern des Depthbufferpräzision durch ändern der far und near Clipplanes auf einen extrem engen Bereich bringt keine Besserung. Da das Problem bei Isometrischer Projektion nicht mehr auftaucht und sich auch nur an den Seiten zeigt kann ich mir ein Präzisionsproblem bei der Projektion vorstellen. Du könntest mal versuchen das als Bug zu reporten, ich bin mir allerdings nicht sicher ob sich das fixen lässt. Aber vielleicht hat jcl auch noch irgendeinen guten Lösungsansatz parat. Ansonsten würde ich vermutlich für solche teile einfach nePlane statt eines cubes nehmen und dann nur an den Seiten noch entsprechendes Faces dazu nehmen. Am Besten wäre aber eventuell auch soetwas komplett als durchgehendes, bzw weniger größere Meshs umzusetzen. Denn eine hohe Zahl an Objekten, egal wie lowpoly sie ist, ist in der Regel eher ungünstig für die Performance.
Was noch sein könnte, ist Zfighting zwischen den Pixeln der Seitenwand und der Wand nach vorn, da an der Ecke ja im Prinzip beides auf der gleichen Pixelreihe liegt. Dazu werd ich jetzt nochmal was ausprobieren...

@M4sterm1nd: Deine Mühen verwirren eher als zu helfen, denn das was du da zitierst ist ein Problem mit statischen Lightmaps, bzw interpolierten Normalen. Da in diesem Fall beides nicht auftritt haben die FAQ Zitate nunmal auch nichts mit dem Problem zu tun.


Edit: Ändern der Trireihenfolge durch Löschen und neu Erstellen einiger Faces, bzw durch erstellen von Gruppen bringt auch keinen Unterschied.