Die Anwendung musst Du grundsätzlich neu nachreichen. Das ist ja aber auch nicht schlimm, da wir da von einem Megabyte oder so sprechen. Die restlichen Ressourcen, wie maps, texturen, models, sounds und so weiter kannst Du einfach nachreichen, die sind auch kein Problem.

Speicherstände sehe ich kritisch, sofern Du game_save und game_load verwendest. Diese setzen vorraus, dass Du die gleichen Variablen und die gleichen Engine Objekte, also Panels, Texte etc. in jeder Version verwendest. Das sollte so gut wie nicht realisierbar sein.

Deutlich besser fährst Du, wenn Du einen eigenen Speichern/Laden Mechanismus implementierst.

Was meinst Du denn mit "Skriptschutz"? Hattest Du nicht gerade erst auf Lite-C umgestellt?