Interessante Frage.
Ich würde auch zu einem node-basierten System greifen, da man dort sowohl Baumstrukturen, als auch Querverweise erstellen kann. Soll das Programm nur zur Texterfassung und zur Organisation der Abhängigkeiten genutzt werden, würde ich fast zu einem Programm greifen, womit man Organigramme definiert. Visio wäre denkbar bzw., wenn es kostenlos sein soll, yEd.

Jetzt kommt es natürlich darauf an, wie professionell die Umsetzung eigentlich sein soll. Denkbar wäre auch ein eigenes Programm, was dann final die erzeugten Daten in einer Datei speichert, die dann direkt von der Engine ausgelesen werden kann.

Bedenken sollte man auch die Wechselwirkung zwischen Storytelling und KI. Während die eigentliche Geschichte, die in einem Rollenspiel erzählt wird, fest in einem Organigramm verankert werden kann, sind Auswirkungen der KI nicht fest vorhersehbar. Soll also auch KI in einem Rollenspiel eingebaut werden, würde ich zu einem eigens erstellten und darauf ausgerichteten Programm raten.