Um es nochmal ganz klar zu sagen: Ohne Shader würdest du überhaupt nichts sehen. Wenn du diese aber selbst schreibst bekommst du zusätzliche Kontrolle, was nur ein großer Vorteil ist.
Boneanimationen kann ich dir nur sehr empfehlen, da diese sich viel schöner Interpolieren lassen als Vertexanimationen und außerdem kannst du einfach so schöne Übergänge zwischen animationen haben. Zusätzlich verbrauchen die viel weniger speicher und können im fall von gamestudio, wo die interpolation für vertexanimationen auf der cpu passiert auch schneller sein.