Fürs Wasser könntest du einen transparenten Sprite nehmen allerdings würde ein transparentes animiertes Modell oder Terrain warscheinlich besser aussehen.

An dem Problem mit den Bäumen ist die Bounding Box schuld. Bei deiner Version ist Polycollision glaub ich noch nicht möglich sonst könntest du das polygon flag setzen. Du könntest das Problem vielleicht etwas verbessern indem du die kleinere Boundingbox benutzt. Kopiere dazu diese Zeilen als unterstes in die Levelname.wdl kopierst wobei Levelname der Name deines Levels ist:

action Baum
{
my.narrow = on;
}

Lade anschließend das Level neu in den WED und weise den Bäumen die action "Baum " zu.

Ansonsten zu dem Bild:
Skalier die Bodentextur nochmal etwas kleiner die ist jetzt zu groß.
Und passe die Textur auf den Häusern auch noch etwas besser an.